К прописной букве - в качестве ударной - народ вполне привык.

Когда как: иногда ставлю курсив, чаще - прописную. Тогда даже в переконвертированном TXT ударение будет отмечено.
Хотя это полиграфическое варварство.

Чаще всего отмечаю курсивом, потому что, как здесь уже отметили, этот способ является наиболее дружественным к читабельности и конвертации.
Жаль, что штатный знак ударения так плохо отображается в разных условиях, если бы не это - он бы был предпочтительнее всего.

Если таких символов в книге немного, то использую способ 2: á é ó ý.
Но тут есть еще один недостаток: они легко могут уплыть при перекодировках win-1251 <—> utf-8, если это делать не в FBE (он-то всё делает аккуратно), а в других программах. Потом встречаются словечки, типа бульший вместо бóльший.

Если же ударений надо ставить не просто много, а очень много, как вот в http://lib.rus.ec/b/202572, то использую способ 3, т.е. знак ударения. У этого способа тоже есть недостатки, но иногда он единственный.

Только последний способ. В четырех читалках у меня он отображается, без багов. Если у читалки проблемы с combining acute accent - это проблема читалки. combining acute accent - это норма, все остальное - костыли.
В Спецсимволах так и нет Ударения. Добавляю сам: в папке Scripts открываю блокнотом spez.htm, в двух таблицах заменяю знак промилле, который мне не нужен, символом & # 769;(пробелы убрать), в двух таблицах с названиями заменяю Промилле на Ударение. При сохранении проверяю кодировку, должна быть utf-8

1 + 3. Из соображений "хоть что-то да сработает". :)

Классики наши как-то опходилися без ударений.

За способ 2 - руки отрезать, желательно без наркоза.
Способ 1 - когда вижу - "скрипя сердцем" проглатываю, но сам не использую.
Считаю единственно правильным вариантом - третий.

P.S. О "квадратиках". Если мы не будем делать "правильные" файлы, у разработчиков читалок не будет стимула делать их "правильно". А так - когда техподдержку будут заваливать жалобами - глядишь, проблема квадратиков рассосется сама.
Да и чаще всего это просто проблема смены шрифта. Если человеку лень поинтересоваться, как избавиться от квадратиков - это его проблема, а не верстальщика.
В конце концов появится утилита (или к примеру, в той же booki опция) для замены ударений на способ 1 - и пусть каждый в своем экземпляре меняет как хочет.
Но изначально делать файлы неправильно для удовлетворения "недочиталок" ("недочитателей") - это ставить телегу впереди лошади. ИМХО.

Отображение знаков юникода U+2004 и U+2003 зависит исключительно от шрифта. Если эти знаки там есть - то все будет хорошо. Тот же HaaliReader без квадратиков все отражает если использовать подходящий шрифт. Шрифтов с поддержкой юникода становится все больше.

Стараюсь использовать знак ударения, т.е. способ № 3.
В первых книгах не получалось - руки были кривые. Приходилось делать по способу № 1. Это, конечно, выход, но непрофессиональный, что ли, - детский, из-за него разработчики читалок и шрифтов разучатся думать, и наступит регресс.

Не все шрифты отображают? Особенно красивые шрифты? Georgia, да? Самое время создателям (авторам) кириллических! шрифтов делать их, наконец-то, действительно кириллическими и давать (продавать) читателям современные, а не распространять древние, давно не обновлявшиеся с зари компьютеризации шрифты.

Искать плохо? - Можно же искать слова рядом, - по контексту. А можно программистам намекнуть, что поиск в текстах стоит усовершенствовать, ведь букв на Земле поболее двадцати шести будет… и некоторые бывают со всякими примочками справа и слева, сверху и снизу...

есть 4-й способ, но это фантастика и бесплодные фантазии. в словарях Lingvo (формат dsl) ударения помечаются специальными тегами. в результата логика отделена от отображения. отображаться ударения могут акцентами или болдом или цветом или … а при поиске теги ударения опускаются наряду с другими тегами и не влияют на результаты поиска.
если бы да кабы такие теги были в свое время введены в схему fb2, то 4-й способ стал бы реальностью.

Рискну предложить ещё один способ. Тоже спорный, конечно, но всё же.
Это обычный апостроф перед ударной гласной. Например: "б'ольшим", "д'олжно".
Плюсы - нормальное распознавание и воспроизведение.
Минусы - визуальное восприятие, ассоциация с разделительным твёрдым знаком или с иностранными словами.
Но, возможно, в книгах, где ударением нужно обозначить очень небольшое количество слов, могло бы пригодиться.