Есть отличная программа для пакетной обработки фб2 файлов, переименовать, раскидать по папкам и т.д.. Называется она FB2Fix, взять можно здесь, но есть у неё недостаток, для многих существенный - работа только с командной строки. Поэтому

нарисован небольшой, но максимально полный фронтэнд (графический интерфейс) к этой утилите. На данный момент поддерживается английский, русский и благодаря Gunner.ua, украинский интерфейсы. Большая просьба попробовать и высказать мнение/пожелания/замечания. Взять можно здесь, архив всего 300 кб.
p.s. Всё абсолютно бесплатно, такой вот подарочек к новому году :)
p.p.s. после того как сохраните прикреплённый файл, смените расширение с txt на rar